La biblioteca Yapuguay está especializada en la línea de antropología, cultura guaraní y lingüística. Ella cuenta básicamente con estas secciones: Antropología general, antropología americana, antropología guaraní, antropología chaqueña, antropología Kaingang, lingüística general, lingüística americana, lingüística aplicada, lengua guaraní, lengua americana, educación paraguaya, historia de América, historia del Paraguay, historia del Río de la Plata, historia de las reducciones jesuíticas, historia de la iglesia latinoamericana, historia de la iglesia del Paraguay, teología indígena, literatura americana, literatura paraguaya, historia de los jesuitas, entre otros. Todos estos libros se encuentran ordenados, catalogados e inventariados. 

Esta Biblioteca ha sido llevada por el antropólogo y lingüista jesuita el padre Bartoméu Melià SJ, conocido internacionalmente en el estudio de la cultura guaraní e historia de las reducciones y que lo llevó a ganar varios doctorados honoris causa en varias universidades del mundo.